De geschiedenis van de stichting gaat terug tot het middeleeuwse Heilige-Geestzusterhuis. Dit werd rond 1390 gesticht door de vooraanstaande Delftenaar Willem Nagel. De zusters die hier woonden verpleegden zieken en gebrekkigen aan huis. Hun werk vormde een belangrijke aanvulling op dat van het reeds in 1251 gestichte Oude Gasthuis aan de Koornmarkt en het omstreeks 1400 gestichte Jorisgasthuis aan het Noordeinde. Omdat het Heilige-Geestzusterhuis geen klooster was, kon het voortbestaan na de aansluiting van Delft bij de Opstand tegen Spanje in 1572 en de daarop volgende overgang tot het protestantisme. Toch betekende dit het einde van de oorspronkelijke instelling. In 1577 adviseerden de bewaarders aan het stadsbestuur om het huis en de goederen te bestemmen tot weeshuis voor “schamele meisjes” (“schamele” betekende “arme”). Dat voorstel werd aanvaard en in 1578 werd het convent een weeshuis. De resterende zeven zusters mochten hun leven lang in het huis blijven wonen. Het stadsbestuur stelde regenten aan. Naast de regenten waren er ook regentessen. Zij waren betrokken bij het onderwijs en de inkopen. Het onderricht was bedoeld om de meisjes de mogelijkheid te geven later zelf de kost te kunnen verdienen. De eerste regentes was Clara van Sparwoude.
Rond 1769 werd het bestaande weeshuis vervangen door het huidige “Meisjeshuis”, dat een aanzienlijk grotere capaciteit had. In de loop van de twintigste eeuw nam het aantal wezen drastisch af en verloren weeshuizen geleidelijk hun functie. Na de Tweede Wereldoorlog liep het aantal weesmeisjes nog meer terug, verkochten de regenten het gebouw aan de gemeente en werden de overgebleven pupillen overgeplaatst naar een kleiner pand aan de Oostsingel. In de jaren zestig werden de jongsten ondergebracht in tehuizen en pleeggezinnen elders, zodat de verzorgende functie van het Meisjeshuis uiteindelijk helemaal ten einde kwam. De bestaande financiële middelen, vermeerderd met de opbrengst van het gebouw, werden ondergebracht in de Stichting voor Hulp aan Delftse Jongeren, vanouds genaamd “Het Meisjeshuis”, die met de opbrengsten de traditie van jeugdzorg nog altijd voortzet.